La Présidence de l’ACEAC est composée d’un Président, d’un Premier Vice- Président et d’un Deuxième Vice-Président. Le Président et les deux Vice-Présidents sont élus par l’Assemblée Plénière à la majorité des 2/3 de ses membres, sur proposition des Conférences Episcopales membres. Le Président et les Vice-Présidents de l’ACEAC le sont aussi pour l’Assemblée Plénière et le Comité Permanent. Leur mandat est de trois ans, renouvelable une fois, restant sauf le droit à l’éligibilité ultérieure, après une période de trois ans successive à un double mandat consécutif. La Présidence est assurée à tour de rôle par les Conférences Episcopales membres. La Conférence qui quitte la Présidence occupe d’office le poste de Premier Vice-Président.